Hikaru, Umi e Fu sono in gita con le rispettive classi alla Tokyo Tower, quando sentono una voce invocare i "leggendari Cavalieri Magici", e le tre si ritrovano a precipitare nel vuoto. Vengono salvate da Clef, un potente mago che nonostante il suo aspetto da bambino ha più di 700 anni. Clef spiega alle ragazze che si trovano a Sephiro, un mondo retto dalla forza di volontà. A capo di esso si trova la Colonna Portante, una persona che con le sue preghiere mantiene l'ordine e la pace. L'attuale Colonna Portante, la principessa Emeraude, è stata però rapita dal sacerdote Zagato, e quindi Sephiro è nel caos. Il loro compito sarà quindi liberare la principessa, con l'aiuto dei Mashin (Managuerrieri), degli spiriti che solo i Cavalieri Magici sono in grado di controllare.
Dopo varie vicissitudini, e con l'aiuto di diversi personaggi, le tre ragazze riescono a trovare i Managuerrieri ed uccidere Zagato. Tuttavia, li attende una sconcertante verità. La principessa era infatti innamorata di Zagato, che la ricambiava. Il suo amore però non le consentiva di svolgere il ruolo di Colonna, e per questo aveva invocato i Cavalieri Magici affinché la uccidessero (infatti nessuno su Sephiro può uccidere la Colonna, e questa non può suicidarsi), così Zagato per proteggerla l'aveva rinchiusa e aveva cercato di ostacolare i Cavalieri Magici.
La rabbia e il risentimento di Emeraude per la morte di Zagato si manifestano materializzandosi in un altro Managuerriero, che solo gli sforzi congiunti delle tre ragazze riescono a sconfiggere. Con le sue ultime forze prima di morire, la principessa riesce a far tornare i Cavalieri a Tokyo.
